醋酸乙酯毒性很微，大鼠經口LD50為5600mg/ng，對大鼠的半數致死量以次為14.13g/kg和11.3ml/kg。可以作為芬芳調味劑。但對粘膜有中等程度的刺激作用。必要接觸高濃度時，可引起眼、鼻、咽喉和呼吸道刺激癥狀，高濃度吸入可進行麻醉作用，急性肺水腫，肝、腎損害。持續大量吸入，可致呼吸麻木。誤服者可產生惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等。有致敏作用，因血管神經障礙而致牙齦出血；可致濕疹樣皮炎。慢性影響：長期接觸本品有時可致角膜混濁、繼發性貧血、白細胞增多等。